凝膠過濾是依據(jù)分子量的不同來進行分離的，由于它的這一分離特性，以及它具有簡單、方便、不改變樣品生物學活性等優(yōu)點，使得凝膠過濾成為純化生物大分子的一種重要手段，尤其是對于一些大小不同，但理化性質(zhì)相似的分子，用其他方法較難分開，而凝膠過濾無疑是一種合適的方法，例如對于不同聚合程度的多聚體的分離等。

凝膠過濾測定分子量操作比較簡單，所需樣品量也較少，是一種初步測定蛋白分子量的有效方法。這種方法的缺點是測量結果的準確性受很多因素影響。由于這種方法假定標準物和樣品與凝膠都沒有吸附作用，所以如果標準物或樣品與凝膠有一定的吸附作用，那么測量的誤差就會比較大。計算公式成立的條件是蛋白基本是球形的，對于一些纖維蛋白等細長形狀的蛋白不成立。另外由于糖的水合作用較強，所以用凝膠過濾測定糖蛋白時，測定的分子量偏大，而測定鐵蛋白時則發(fā)現(xiàn)測定值偏小。

利用凝膠過濾進行脫鹽及去除小分子雜質(zhì)是一種簡便、有效、快速的方法，它比一般用透析的方法脫鹽要快得多，而且一般不會造成樣品較大的稀釋，生物分子不易變性。一般常用的是月旭科技Tandex G-25，并且目前已有多種脫鹽柱成品出售，使用方便，可多次使用。

熱源物質(zhì)是指微生物產(chǎn)生的某些多糖蛋白復合物使人體發(fā)熱的物質(zhì)，它們是一類分子量很大的物質(zhì)，所以可以利用凝膠過濾的排阻效應將這些大分子熱源物質(zhì)與其他相對分子量較小的物質(zhì)分開。例如對于去除水、氨基酸、一些注射液中的熱源物質(zhì)，凝膠過濾是一種簡單而有效的方法。

利用凝膠顆粒的吸水性可以對大分子樣品溶液進行濃縮。例如將干燥的Tandex（粗顆粒）加入溶液中，Tandex可以吸收大量的水，溶液中的小分子物質(zhì)也會滲透進入凝膠孔穴內(nèi)部，而大分子則被排阻在外。通過離心或過濾去除凝膠顆粒，即可得到濃縮的樣品溶液。這種濃縮方法基本不改變?nèi)芤旱碾x子強度和pH值。